Séminaires
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BIA Unit Seminars / Séminaires de l'unité BIA (Toulouse):
The seminar of the BIA Unit of the INRA in Toulouse is a place for scientific and technical exchanges between members of the unit and experts in mathematics, computer science, agro-ecosystems, bioinformatics etc. Talks can be on mature ongoing working subjects, on finalized highly specialized projects or have a more informative/educational scope. The focus can be on methodological aspects as well as on applications. Some presentations during other local seminars can be flagged as highly interesting to the usual audience of the BIA seminar. This is for example the case of the BioMath seminar (coorganized by B. Servin and M. Vignes), the seminar organized by the Biostatistics plateform of the Mathematical institute of the Paul Sabatier University in Toulouse (contact S. Déjean) or the [ROAD-T] seminar (Operational Research and Decision Making near Toulouse, contact M. Mongeau)..
Presentations can be either in English or in French. According to the presentation, a typical seminar lasts from 45min to a couple of hours. Unless otherwise stated, it is held in the BIA meeting room at 10.30 on Fridays. Acces to the INRA Auzeville/Castanet, have a look here (we're less than 30 yards from the reception !).
Seminars to come / Séminaires futurs :
- 22/06/2012: Mutation transcriptionnelle, recombinaison et leurs impacts sur l'évolution du génome d' Escherichia coli, Claire Hoede (INRA Toulouse, BIA, PF Genotoul Bioinfo).
- Résumé : Escherichia coli constitue la majeure partie de la flore microbienne commensale aéro-anaérobie du tube digestif de l’hôte. Pourtant E. coli est aussi une des espèces les plus fréquemment rencontrées en pathologie humaine et animale. C’est l’une des espèces bactériennes les plus étudiées et les plus connues. L’évolution des génomes au sein de l’espèce repose sur deux mécanismes distincts : la mutation et la recombinaison, qui génèrent une diversité génétique sur laquelle la sélection naturelle peut opérer. Dans notre travail, nous nous sommes intéressés à ces processus et aux traces qu’ils laissent dans les génomes. Nous avons, en premier lieu, décrit une forme de mutabilité variable le long du génome car liée à l‘existence de structure secondaire locale de l’ADN : la mutabilité transcriptionnelle. Nous avons pu d’une part quantifier cette mutagenèse et d’autre part révéler une réponse sélective au sein du génome pour en limiter les effets. La recombinaison, quant à elle, est connue pour brouiller le signal phylogénétique de manière importante. En second lieu, nous avons montré par une approche de génomique comparative que, malgré un taux relativement élevé de recombinaison, l’établissement d’une phylogénie robuste était possible. De plus, nous avons mis en évidence que les nombreuses acquisitions et pertes de gènes dans le génome des différentes souches d’E. coli se situaient préférentiellement à certains sites. Enfin, nous avons utilisé la structure phylogénétique de l’espèce à des applications taxonomiques et épidémiologiques.
- Résumé : Escherichia coli constitue la majeure partie de la flore microbienne commensale aéro-anaérobie du tube digestif de l’hôte. Pourtant E. coli est aussi une des espèces les plus fréquemment rencontrées en pathologie humaine et animale. C’est l’une des espèces bactériennes les plus étudiées et les plus connues. L’évolution des génomes au sein de l’espèce repose sur deux mécanismes distincts : la mutation et la recombinaison, qui génèrent une diversité génétique sur laquelle la sélection naturelle peut opérer. Dans notre travail, nous nous sommes intéressés à ces processus et aux traces qu’ils laissent dans les génomes. Nous avons, en premier lieu, décrit une forme de mutabilité variable le long du génome car liée à l‘existence de structure secondaire locale de l’ADN : la mutabilité transcriptionnelle. Nous avons pu d’une part quantifier cette mutagenèse et d’autre part révéler une réponse sélective au sein du génome pour en limiter les effets. La recombinaison, quant à elle, est connue pour brouiller le signal phylogénétique de manière importante. En second lieu, nous avons montré par une approche de génomique comparative que, malgré un taux relativement élevé de recombinaison, l’établissement d’une phylogénie robuste était possible. De plus, nous avons mis en évidence que les nombreuses acquisitions et pertes de gènes dans le génome des différentes souches d’E. coli se situaient préférentiellement à certains sites. Enfin, nous avons utilisé la structure phylogénétique de l’espèce à des applications taxonomiques et épidémiologiques.
- 01/06/2012: Title to come, Will Probert (REMaSS, ISSR, university of Queensland, Australia).
- Résumé : Summary to come.
- Résumé : Summary to come.
- 25/05/2012: Dissertation autour de l'affirmation de Albert-László Barabási: "Pure graph theory is elegant and deep, but it is not especially relevant to networks arising in the real world", Bertrand Jouve (Eric, univ. Lyon 2).
- Résumé : Summary to come.
- Résumé : Summary to come.
- 18/05/2012: Assemblage de séquences : une proposition d'indexation par automates, Michel Koskas (UMR518 AgroParisTech/INRA).
- Résumé : L'assemblage de séquences comporte deux étapes : une consistant en la construction du graphe de de Brujin et la seconde exploitant ce graphe pour reconstituer la séquence. La première étape, à laquelle nous nous intéressons, se fait souvent en utilisant les FM-indexes. Nous proposons ici une indexation des reads par automates `à façon' permettant une construction rapide et simple du graphe de Brujin.
- Résumé : L'assemblage de séquences comporte deux étapes : une consistant en la construction du graphe de de Brujin et la seconde exploitant ce graphe pour reconstituer la séquence. La première étape, à laquelle nous nous intéressons, se fait souvent en utilisant les FM-indexes. Nous proposons ici une indexation des reads par automates `à façon' permettant une construction rapide et simple du graphe de Brujin.
- 04/05/2012: Apprentissage et optimisation de systèmes bruités à l'aide des processus gaussiens , Victor Picheny (CERFACS, Toulouse).
- Résumé : L'étude de phénomènes complexes s'appuie de manière croissante sur les simulations numériques. Quand ces simulateurs sont très coûteux à évaluer, utiliser des métamodèles (ou surfaces de réponse), construits à partir d'un jeu réduit d'expériences, s'avère souvent un choix judicieux pour faciliter l'apprentissage ou l'optimisation. Dans cet exposé, nous nous intéresserons au cas où les réponses étudiées sont bruitées, et nous expliquerons pourquoi une redéfinition des méthodes existantes est nécessaire. Nous proposerons ensuite un critère pour la sélection séquentielle des expériences, dans l'esprit de la célèbre "amélioration espérée". Enfin, nous présenterons un algorithme heuristique basé sur ce critère, qui exploite la possibilité de précision réglable souvent existante dans le cas bruité, afin d'attribuer des temps de calcul de manière hétérogène et de gagner en efficacité.
- Résumé : L'étude de phénomènes complexes s'appuie de manière croissante sur les simulations numériques. Quand ces simulateurs sont très coûteux à évaluer, utiliser des métamodèles (ou surfaces de réponse), construits à partir d'un jeu réduit d'expériences, s'avère souvent un choix judicieux pour faciliter l'apprentissage ou l'optimisation. Dans cet exposé, nous nous intéresserons au cas où les réponses étudiées sont bruitées, et nous expliquerons pourquoi une redéfinition des méthodes existantes est nécessaire. Nous proposerons ensuite un critère pour la sélection séquentielle des expériences, dans l'esprit de la célèbre "amélioration espérée". Enfin, nous présenterons un algorithme heuristique basé sur ce critère, qui exploite la possibilité de précision réglable souvent existante dans le cas bruité, afin d'attribuer des temps de calcul de manière hétérogène et de gagner en efficacité.
- 27/04/2012: Comparaison de métamodèles pour l'estimation de la séquestration d'azote, Nathalie Villa-Vialaneix (Université de Perpignan / SAMM).
- Résumé : The environmental costs of intensive farming activities are often underestimated or not traded by the market, even though they play an important role in addressing future society's needs. The estimation of nitrogen (N) dynamics is thus an important issue which demands detailed simulation based methods and their integrated use to correctly represent complex and nonlinear interactions into cropping systems. To calculate the N2O ux and N leaching from European arable lands, a modeling framework has been developed by linking the CAPRI agro-economic dataset with the DNDC-EUROPE bio-geo-chemical model. But, despite the great power of modern calculators, their use at continental scale is often too computationally costly. By comparing several statistical methods this paper aims to design a metamodel able to approximate the expensive code of the detailed modeling approach, devising the best compromise between estimation performance and simulation speed.
- Résumé : The environmental costs of intensive farming activities are often underestimated or not traded by the market, even though they play an important role in addressing future society's needs. The estimation of nitrogen (N) dynamics is thus an important issue which demands detailed simulation based methods and their integrated use to correctly represent complex and nonlinear interactions into cropping systems. To calculate the N2O ux and N leaching from European arable lands, a modeling framework has been developed by linking the CAPRI agro-economic dataset with the DNDC-EUROPE bio-geo-chemical model. But, despite the great power of modern calculators, their use at continental scale is often too computationally costly. By comparing several statistical methods this paper aims to design a metamodel able to approximate the expensive code of the detailed modeling approach, devising the best compromise between estimation performance and simulation speed.
- 06/04/2012: Taxonomie numérique moléculaire : nouvelles questions pour un vieux problème ? Alain Franc (BioGeCo, INRA Bordeaux).
- Résumé : La taxonomie est une discipline vénérable, où les espèces (taxa) sont classées et identifiées selon des critères morphologiques, très variés et hétérogènes. Il s’agit donc de reconnaissance de forme, dans des espaces complexes à très grande dimension. Depuis plusieurs décennies, la diversité du vivant est analysée comme fruit de l’évolution, selon les empreintes moléculaires laissées dans le génome. La reconnaissance de formes a donc glissé vers des espaces plus simples, de chaînes de caractères. Plusieurs éléments actuels de ce courant de recherche seront présentés, notamment suite à la possibilité de réaliser des inventaires automatiques sur des jeux de données issus de NGS : comparaison de reads avec des bases de référence, forme du nuage de points image euclidienne des séquences de références selon une distance génétique, questions sur la reconnaissance de forme (méthodes linéaires, graphes, eigenmaps, etc ...), besoins en diagnostic, besoins nouveaux en calcul intensif, distribué ou parallélisé, sur des exemples issus soi de communautés de diatomées d’eau douce soit d’arbres de la forêt guyanaise.
- Résumé : La taxonomie est une discipline vénérable, où les espèces (taxa) sont classées et identifiées selon des critères morphologiques, très variés et hétérogènes. Il s’agit donc de reconnaissance de forme, dans des espaces complexes à très grande dimension. Depuis plusieurs décennies, la diversité du vivant est analysée comme fruit de l’évolution, selon les empreintes moléculaires laissées dans le génome. La reconnaissance de formes a donc glissé vers des espaces plus simples, de chaînes de caractères. Plusieurs éléments actuels de ce courant de recherche seront présentés, notamment suite à la possibilité de réaliser des inventaires automatiques sur des jeux de données issus de NGS : comparaison de reads avec des bases de référence, forme du nuage de points image euclidienne des séquences de références selon une distance génétique, questions sur la reconnaissance de forme (méthodes linéaires, graphes, eigenmaps, etc ...), besoins en diagnostic, besoins nouveaux en calcul intensif, distribué ou parallélisé, sur des exemples issus soi de communautés de diatomées d’eau douce soit d’arbres de la forêt guyanaise.
- 30/03/2012: Clustering dans les réseaux basé sur la maximisation de la modularité, Sonia Cafieri (ENAC, Toulouse).
- Résumé : Les réseaux sont souvent utilisés pour représenter des systèmes complexes dans divers domaines. Dans ce contexte, l’identification de clusters, ou communautés, est couramment un domaine de recherche très actif. Je vais donner un aperçu des progrès récents sur le clustering dans les réseaux en focalisant sur le critère de modularité. La maximisation de la modularité donne lieu a de problèmes d'optimisation, le plus souvent résolus approximativement par des heuristiques. Je présenterai des algorithmes exacts ainsi que une heuristique localement optimale que nous avons récemment proposé.
- Résumé : Les réseaux sont souvent utilisés pour représenter des systèmes complexes dans divers domaines. Dans ce contexte, l’identification de clusters, ou communautés, est couramment un domaine de recherche très actif. Je vais donner un aperçu des progrès récents sur le clustering dans les réseaux en focalisant sur le critère de modularité. La maximisation de la modularité donne lieu a de problèmes d'optimisation, le plus souvent résolus approximativement par des heuristiques. Je présenterai des algorithmes exacts ainsi que une heuristique localement optimale que nous avons récemment proposé.
- date tbc: Managing ecosystems: practical application of food web theory, Eve McDonald-Madden (CSIRO), Régis Sabbadin (BIA, INRA Toulouse).
- Résumé : Summary to come.
- Résumé : Summary to come.
Past seminars / Séminaires passés :
Link to a (tentative and probably incomplete) List of past seminars that have taken place in the BIA Unit.
Contacts:
Should you wish to give a talk to present your work during of the BIA Unit seminars, feel free to contact either Gauthier Quesnel or Matthieu Vignes.
